Bước 1:Tổ chức, cá nhân lập hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao gửi đến Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, nơi doanh nghiệp đăng ký kinh doanh.

Bước 2:Trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ, quyết định thành lập Tổ thẩm định hồ sơ công nhận doanh nghiệp ứng dụng công nghệ cao (sau đây gọi tắt là Tổ thẩm định) đối với các hồ sơ hợp lệ hoặc có văn bản thông báo cho doanh nghiệp về việc hồ sơ không đầy đủ, hợp lệ; thời gian doanh nghiệp bổ sung, hoàn thiện hồ sơ không tính vào thời gian thẩm định. Thành phần Tổ thẩm định có từ 7 đến 9 thành viên, gồm: Tổ trưởng là đại diện lãnh đạo và 01 thư ký là chuyên viên thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; các thành viên khác gồm đại diện các Sở: Tài chính, Kế hoạch và Đầu tư, Tư pháp, Tài nguyên và Môi trường, Khoa học và Công nghệ; ngoài ra có thể mời thêm một số chuyên gia có liên quan.

Bước 3: Trong thời hạn 07 ngày làm việc sau khi có quyết định thành lập, Tổ thẩm định tiến hành họp thẩm định hồ sơ khi có ít nhất hai phần ba số thành viên có mặt. Tổ thẩm định có trách nhiệm đánh giá hồ sơ do doanh nghiệp lập về tính đầy đủ, chính xác, đáp ứng các điều kiện theo quy định; lập biên bản họp gửi Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Bước 4: Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày họp, trên cơ sở kết quả họp Tổ thẩm định, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét quyết định cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Bước 5: Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ khi nhận được kết quả tổng hợp từ Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có trách nhiệm quyết định cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao và gửi cho doanh nghiệp, trường hợp từ chối cấp Giấy chứng nhận phải có thông báo lý do bằng văn bản cho doanh nghiệp