Khi Giấy phép hết thời hạn, bị hư hỏng hoặc bị mất, tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ đề nghị cấp lại Giấy phép vận tải qua biên giới Campuchia - Lào - Việt Nam (sau đây gọi là Giấy phép liên vận CLV) đến cơ quan cấp Giấy phép [(Tổng cục Đường bộ Việt Nam (đối với xe thương mại thuộc các đối tượng: xe vận tải hành khách hợp đồng, xe vận chuyển khách du lịch, xe vận tải hàng hóa; xe phi thương mại thuộc các cơ quan của Đảng, Quốc hội, Chính phủ, Văn phòng các Bộ, cơ quan ngang Bộ, các cơ quan thuộc các Bộ, xe của các cơ quan ngoại giao, cơ quan lãnh sự, cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế tại Việt Nam có trụ sở đóng tại Hà Nội); Sở Giao thông vận tải địa phương (đối với xe vận tải hành khách tuyến cố định, xe phi thương mại của các tổ chức, cá nhân đóng trên địa bàn địa phương, trừ xe phi thương mại thuộc các đối tượng do Tổng cục Đường bộ Việt Nam cấp); Sở Giao thông vận tải địa phương nơi có cửa khẩu biên giới giáp với Lào và Campuchia (đối với xe phi thương mại của các tổ chức, cá nhân đóng trên địa bàn các tỉnh khác của Việt Nam đi qua cửa khẩu của địa phương đó)].

Cơ quan cấp Giấy phép tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra; trường hợp hồ sơ cần sửa đổi, bổ sung, cơ quan cấp Giấy phép thông báo trực tiếp ngay trong ngày làm việc (đối với trường hợp nộp hồ sơ trực tiếp) hoặc thông báo bằng văn bản chậm nhất sau 02 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ (đối với trường hợp nộp hồ sơ qua đường bưu chính) những nội dung chưa đầy đủ hoặc cần sửa đổi.

Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đúng quy định, cơ quan cấp phép cấp lại Giấy phép; trường hợp từ chối không cấp, phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.